현재의 개체군 감소와 소멸의 주요 요인은 서식지 소실이다. 과거 수십 년 동안에 걸친 수많은 생태학 연구는 지구에서 증가하는 동식물종에 대한 개체군 감소와 소멸의 유형을 기록해 왔다. 현재 개체군 감소의 주된 요인은 인간 활동에 의한 서식지 소실이다. 농경을 위해 삼림을 벌채하고, 습지를 배수시키고, 강에 댐을 건설하는 일은 많은 종들의 서식지를 심각하게 감소시켰고 현재 전 지구적인 종 소멸에 대한 주요 원인이다. 특히 지난 한 세기 동안 담수 생태계는 서식지 파괴에 특히 취약하였다. 미국에서만 약 75,000개의 댐이 생겼고, 미국 전체 강의 약 17%인 970 강을 저류시켰다. 댐은 강의 소용돌이 부분을 없애고, 물을 정체시키며, 유속, 수온, 산소 농도 및 퇴적물 수송에 영향을 미친다. 특히 댐은 회유성 종이 산란 지역인 상류로 이동하지 못하게 하는 부정적인 영향이 있다. 그 결과 1900~2010년 사이의 담수 서식지 파괴로 인해 미국 민물고기류 중 57종과 아종이 소멸하였다. 조류들은 과거 50년 동안 미국에서 가장 광범위하게 추적 관찰된 육상종이고 따라서 인간 활동과 토지이용 변화에 대한 개체군 감소를 해주는 가장 좋은 몇 가지 예를 제공한다. 북미 번식 조류 조사가 1966년 처음 시작된 이후로 미국과 캐나다에서 매년 실시되어 오고 있다. 이 자료는 개체군 감소 경향이 같은 시기의 토지이용 변화와 서식지 소멸과 연관될 수 있다는 평가의 근거를 제공한다. 번식 조류 조사의 자료에 따르면 과거 50년간 조류 집단에 가장 음성적인 영향을 받은 종들 중 하나가 미국 중부 대평원의 초지에 서식하는 종이었다. 19세기 후반에 시작된 미시시피강 서쪽 농경지의 확장은 초원이 경작지로 바뀜에 따라 초지가 감소하는 결과를 초래했다. 북미 초지의 80% 이상이 농경지나 다른 용도로 바뀌었다. 서식지 소실은 미국과 캐나다의 초지 조류를 꾸준히 감소시켰다. 개체군 감소는 지역 개체군을 부양하는 자생 초지 지역의 감소뿐만 아니라 남아 있는 초지 지역에서 서식지 황폐화의 결과로 지역 개체군의 성장률도 감소했기 때문이다. 캔자스대학교의 워드와 동료들은 중앙 대평원의 Flint Hills에서 세 가지 주요 초지 조류 멧새와 참새, 동부들 종다리의 성장률을 조사하였다. 연구자들은 지역 내의 무수한 국지 개체군에서 개체군 연 증가율의 추정치를 이용하여 남아있는 서식지에서 3종의 지역적 개체군 감소가 서식지의 감소 때문이기도 하고, 남아있는 초지지역에서 개체군의 성장률이 음수이기 때문이라는 것을 나타낸다. 모든 종이 서식지 감소에 똑같이 민감한 것은 아니다. 특히 취약한 종들은 이주성 종이다. 계절적으로 이주하는 종들은 서로 다른 지리적 지역에서 둘 또는 그 이상의 뚜렷한 서식지 유형 의존한다. 이 서식지 중의 어느 것이 변하거나 파괴되면 그 종은 멸망할 것이다. 해마다 북미 동부의 온대지역과 중앙아메리카와 남아메리카의 열대지역 사이를 이동하는 신열대구의 120개 이상의 종은 두 지역 사이의 경유 서식지뿐 아니라 두 지역 모두의 적절한 서식지에 의존한다. 1970~2010년 기간 동안 캐나다의 북미 번식 조류 조사 자료에 의하면 캐나다에서 번식하고 겨울에 남아메리카로 이주하는 조류종 50% 이상이 감소하였다. 이주하는 조류 개체군에서의 이러한 감소의 첫째 요인은 남아메리카 열대우림 서식지의 파괴이다. 소멸에 가장 취약한 종들은 특정한 지역이나 지역적 서식지에서만 발견되는 고유종들이다. 고유종들은 지리적 분포가 제한되어 있으므로 특히 소멸에 취약하다. 한정된 지역에서의 환경적 변화와 교란, 인간 활동은 그 종 서식지의 완전한 손실을 가져올 수 있다. 예를 들면 아프리카 동부 앞 바다의 마다가스카르섬은 다양한 식물상과 동물상의 고향으로, 대략 90%가 고유종으로 이 섬에서만 발견된다. 이러한 종들의 대부분은 그 섬의 열대우림 서식지에 서식하는데, 숲은 과거 50년 동안 지속적으로 넓이가 감소하고 있다. 기존 열대우림의 90% 이상이 제거되고 있으며 그 결과 마다가 카르는 세계의 다른 지역에 비하여 위협받는 종이나 위험에 처한 종들로 기록된 동식물종의 퍼센티지가 가장 크다. 예를 들어 여우원숭이는 열대우림 서식지에 의존하는 마다가스카르 제도의 영장류 자생종 군이다. 삼림 제거와 서식지 손실로 인하여 알려진 여우원숭이 종의 91%가 위험에 처한 종이다. 세계자연보전연맹의 멸종위기종 적색목록에서 현재 23종은 '심각한 멸종위기종'이고, 52종은 '위기종'이며, 19종은 '취약종'으로 기록되었다. 인간이 처음 마다가스카르에 도착한 다음부터 2,000년 동안 적어도 17종과 8속이 소멸한 것으로 믿어지고 있다. 개체군 성장은 이입과 이출이 없는 개체군에서, 일정 시간 간격 동안의 시간에 따른 개체군 크기의 변화율은 출생률과 사망률 차이의 함수이다. 출생률이 사망률보다 높으면, 개체군 변화율은 개체군 크기에 따라 증가한다. 개체군 변화를 조사하는 시간 간격이 감소하여 0에 접근함에 따라, 개체군 크기 변화는 연속 함수로 표현되며 그 결과적 양상을 지수적 개체군 성장이라 한다. 개체당 순간의 출생률과 사망률의 차이를 개체당 순간 증가율로 정의한다. 서식지 소실과 종의 소멸에 관한 생태적 논점과 적용에는 인간 개체군과 활동의 팽창 결과로 일어나는 서식지 파괴가 종 소멸의 주요 원인이다. 개체군 감소는 개체군 유지를 위하여 이용할 수 있는 서식지 면적의 감소와 남아있는 서식지에 있는 개체군의 성장률 감소의 결과이다. 후자는 인간 활동 때문에 남아있는 서식지가 황폐화한 결과이다.
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